El San Rafa cuenta con la única Unidad de Cuidado Intensivo Pediátrico de Boyacá y circunvecinos como Casanare y Arauca con 10 camas de cuidado intensivo y 2 de intermedio. 

En Neonatal, con 7 unidades de cuidado intensivo y 11 de intermedio. Además de 5 en cuidado básico neonatal con capacidad de expansión a 35 unidades en casos de emergencia funcional.