Con cerca 500 años de historia y una amplia trayectoria basada en la humanización de la ciencia y el alivio de las dolencias físicas y psíquicas de la población boyacense, la E.S.E. Hospital San Rafael Tunja remembra su amplia trayectoria.

Fuimos el primer Hospital del Nuevo Reino de Granada entonces nombrado "Nuestra Señora de la Concepción", fundado en la ciudad de Tunja en 1553 y ubicado en donde hoy funciona el SENA  Centro en Tunja, hasta 1636.

En 1777 nos trasladamos al antiguo Claustro de los Jesuitas, actual Colegio de Boyacá en Tunja, con el nombre "Hospital San Juan de Dios", que fue trasladado en 1822 al convento de San Agustín, hoy Biblioteca Patiño Rosselli.

Hacia el año de 1864, se nos renombró "Hospital de Caridad" y comenzamos a funcionar en el convento de Santa Clara la Real de Tunja.

En 1952 nuevamente nos reubican en las instalaciones de las instalaciones del llamado "Hospital Antiguo" en la ciudad de Tunja, donde funcionó hasta comienzos del año 1990.

Finalmente, el 6 de Julio de 1990 se traslada el Hospital a la actual sede cuya obra fue entregada a la comunidad en conmemoración de los 450 años de la ciudad de Tunja.

En 1992 y mediante Decreto Ordenanza 1243 el Hospital se convierte en "Empresa Social del Estado Hospital San Rafael Tunja", Establecimiento Público del Orden Departamental, lo cual hace posible su reestructuración como Empresa Social del Estado a partir del 27 de diciembre de 1995 mediante Decreto 001528 de la Gobernación de Boyacá.

Esta nueva empresa está dotada de personería jurídica, patrimonio propio y autonomía administrativa, adscrita a la Secretaría de Salud de Boyacá e integrante del Sistema General de Seguridad Social en Salud, sometida al régimen jurídico previsto por la ley 100 de 1993 y Decreto 1876 de 1994.

Somos Hospital Público de alta complejidad que presta servicios de III y IV nivel en el departamento de Boyacá, centro de referencia de todos los municipios de Boyacá, y de algunos de Santander, Casanare y Cundinamarca. Contamos con instalaciones modernas, tecnología adecuada y recurso humano altamente calificado y comprometido con el paciente y su familia