La E.S.E Hospital Universitario San Rafael de Tunja cumple con los requisitos definidos por la Resolución 3100 de 2019, a través de la cual se definen los procedimientos y condiciones de inscripción de los prestadores de servicios de salud y de habilitación de los servicios de salud y se adopta el Manual de Inscripción de Prestadores y Habilitación de Servicios de Salud.
De manera anual la E.S.E Hospital Universitario San Rafael de Tunja realiza la renovación y declaración ante el Registro Especial de Prestadores de Servicios de Salud-REPS de los servicios habilitados previa autoevaluación, los cuales se encuentran en la Constancia de Autoevaluación.