La E.S.E. Hospital Universitario San Rafael de Tunja estructura e implementa el Sistema Obligatorio de Garantía de Calidad con el propósito de mejorar su desempeño y su capacidad de proporcionar servicios que respondan a las necesidades y expectativas de usuarios y partes interesadas.
El Sistema Obligatorio Garantía de Calidad lo componen:
- Acreditación,
- Habilitación,
- Programa de auditoría para mejoramiento calidad (PAMEC) y
- Sistema de información, y en adelante, todos aquellos sistemas que les sean complementarios, con objetivos como son el lograr la armonización y calidad entre sistemas, el optimizar el uso de recursos y evitar la duplicidad de esfuerzos y funciones.
Sistema de Gestion por indicadores
La Unidad de Análisis Estadístico (UAE) es una estrategia de gestión en la que un grupo interdisciplinario evalúa las variaciones no esperadas de los indicadores institucionales, realiza seguimiento a las decisiones adoptadas frente a una brecha en la información, orienta las acciones para el mejoramiento continuo.
La estrategia permitirá:
o Tomar decisiones institucionales para la mejora continua.
o Realizar la Gestión de Procesos Basada en Indicadores.
o Identificar oportunidades de mejora.
o Reducir la variabilidad de los procesos.
o Fomentar la cultura de medición mediante la gestión de hechos y datos.
La gestión de indicadores comprende el reporte de datos e indicadores, el análisis periódico, la generación de alertas en caso de no cumplimiento de metas y la realización de acciones correctivas en caso de presentarse alguna desviación. Se seguirán los lineamientos del procedimiento Código: OADS-PR-01 GESTION Y SEGUIMIENTO DE INDICADORES

Según Niveles Decisorios
En la ESE Hospital Universitario San Rafael de Tunja se pueden diferenciar tres niveles decisorios:
Alta Dirección que comprende la Gerencia, Subgerencia de Servicios de salud, Subgerencia Administrativa y Financiera y la Oficina Asesora de Desarrollo de Servicios
Nivel Ejecutivo (Gerencia de Área/Proceso - Coordinadores) que comprende: Coordinaciones de Urgencias, Hospitalización, Unidades de cuidado Intensivo Adulto, Pediátrico y Neonatal, Cirugía y Salas de Parto, Enfermería, Servicio Farmacéutico, Apoyo de Servicios, Epidemiología, SIAU, Almacén, Jurídica, Financiera, Servicios de Apoyo Administrativo, Talento Humano, Contratación, Mantenimiento e Infraestructura, Atención Administrativa al Usuario, Gestión Académica, Seguridad y Salud en el Trabajo, Ingeniería Biomédica, Gestión Documental y TICs.
Nivel Operativo (Gerencia de proyecto). Proyectos/Programas/Comités Institucionales
Para asegurar el logro de los objetivos correspondientes a su nivel de decisión, cada ámbito gerencial debe establecer sus correspondientes mecanismos de control de la gestión, de manera que le faciliten detectar a tiempo las posibles desviaciones e introducir las medidas correctivas pertinentes. Se integra así un cuadro de control gerencial, con tres subsistemas básicos de control de la gestión:
1) Evaluación de Resultados, 2) Control de Procesos, y 3) Control de Proyectos o Programas